昭和13年４月，日本大学予科の校章として作成されたものを，学制改革で予科が廃止されたあと日本大学付属高等学校の校章として継承されました。その後，日本大学藤沢中学校，日本大学藤沢小学校へ統一して継承されています。
その由来は日本精神のシンボルである桜の花と葉を台にして，小の文字をのせたものであり，校旗にも取り入れられています。
校章・校歌GUIDE
校章
日本大学藤沢小学校「校歌」
１.
若草萌ゆる 亀井野の 桜並木の 丘の上
花の吹雪を 身に浴びて 文化の光 慕いゆく
わが日大の 学園は 若き力の 拠るところ
２.
翠嵐かおる 森のかげ 鎌倉武士が 武を練りし
歴史の跡を 偲びては 玲瓏高き 大空に
芙蓉の峰を 仰ぎみて 希望に胸の おどるかな
３.
相模の灘の 潮騒に 燃ゆる血潮の 若人が
世のいしずえを 築かんと 心を磨き 技を練る
わが日大の 学園は 永久に盡きせぬ 栄えあり
